在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

科学研究效果

1、从光敏培养出来肿瘤细胞中生成DNA化学交联蛋白酶质

从而分离法光化学热塑球胆固醇-DNA包覆物用在LC-MS分享，原作者开拓了了种性变纯化计划书，可从DNA中去必须化学热塑球胆固醇，仅在作用时确认直接的人类基因组玩丰度DNA化学热塑球胆固醇。用TRIZOL出掉固色质并出掉逮捕获的非化学热塑球球蛋清，然而将其如何溶于以做RNase化解。确认超音波裁切应纳税所得额球胆固醇化学热塑DNA的出掉物，在硫氰酸胍中加热性变，并在二被氧化硅抽滤柱上激烈洗洁以去必须化学热塑球胆固醇直到做好。确认核酸酶办理从DNA中解放光化学热塑球球蛋清，并做胰球球蛋清酶化解用在LC-MS分享。该步骤名称为球胆固醇化学热塑DNA出掉或XDNAX。

图1.血清质交连DNA抽取或XDNAX具体程序流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上接触到DNA的淀粉酶质图谱

将光交连步骤应该用于MCF7团队细胞膜，察觉了1,805种侯选人淀粉酶，其中的1,191种留存于3个或更好次相似中。60%的DNA互相影响组帶有核酸紧密搭配的GO参考文献标注，在由于缺乏核酸紧密搭配参考文献标注的淀粉酶质中，更大的成就基核纤层淀粉酶，再者是参与活动染色的质团队和团队细胞膜瓦解的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可直接的接触到 DNA 的营养物质质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总的了DNA完美的效应组所潜在的核膳食纤维-DNA表层简答一般涵盖的核苷酸热塑肽。这涵盖随着（1）球状DNA融合组成部分域、（2）DNA 融合无章区（IDR）和（3）随着与同一核膳食纤维（举例子组核淀粉酶酶融合核淀粉酶酶）、RNA（举例子剪接成分）或相分离法区室（举例子核仁核淀粉酶酶）完美的效应而导致的区域环境介于。

图3 . 可同时接处 DNA的构造域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法癌细胞扰动过程中与DNA结合在一起的转录成分

雌雄抗生素蛋白酶酶激酶α（ESR1）驻停留在胞质溶胶中，终会会遇到其配体，闪避易位到组织癌组织结构，在处它与遗传基因组中的某一区域划分结合起来以提高某一的转录程序流程。将血清饥饿的MCF7组织癌组织暴晒于高的用药量雌雄抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4两半个小时，与模仿处置的对比组织癌组织会比较它们之间的DNA互不效用组（图4A）。在这其中，雌雄抗生素条件刺激后DNA互不效用组中的ESR1增长了30倍（图4B）。总的来讲，在1,814个酶联免疫法的蛋白酶酶质-DNA互不效用中，约有9%显视出大于2倍的正相关转变 ，并观查到与ESR1兼具互不效用的蛋白酶酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素办理乳腺癌癌受损细胞 DNA 彼此效应组的化学发光法相对较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

研发加入染色的体组的球氨基酸以了解一下它是该怎样被载入并付诸实际操作的，一直以来都是研发工作员一位长年的喜欢。染色的体组可及性首要以DNA为中央的的角度实施研发，既使，到阶段截止，染色的质凝胶的的用处中的哪个球氨基酸与DNA 遭受数学相护的用处尚不了解。选择零空距光交连，可看见DNA相护的用处组中的基本数球氨基酸，XDNAX技能将对于球氨基酸-DNA相护的用处研发的很强的工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的营养素质组学、修饰语组学、分解代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考资料专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.