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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿软件最应见的患病之1。肾组织机构中CaOx纳米线过过剩的堆积会会造成肾小管神经细胞问题和凋亡,最终得以会造成肾结石的形成了。短链肌肉酸由胃肠内厌氧反应器病菌进行发酵合理膳食合成纤维带来,这不仅在产品局部胃肠深层中起到做用,但是在软件技术水平上也起到首要做用。当中,丁酸是最雄厚的短链肌肉酸,都具有抗感染和免疫抗体阻止做用,本研究方案浅论丁酸对CaOx肾结石的做用下列关于隐藏的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山的医院泌尿美容外科吴忠专家、周子健博土于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教学、周子健教授在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物技术与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网上临床药理学的服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

句子称呼:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 消费者基层单位:华山宠物医院 研发关键字:大鼠、HK-2癌细胞 排列产品信息:对比组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱保证工艺:网咯药剂学学检侧

思绪方案图

实验没想到

探索人群应先整合大鼠型号,经过身体血生化评价指标和团队病理报告学染色的等探索方法手段挖掘丁酸能够限制CaOx型号大鼠肾CaOx纳米线的确立和直接问题,可以改善CaOx型号大鼠的发炎直接问题和防钝化化学物质的过快表达方法。另外,丁酸还抑制作用草酸帮助的HK-2人体肿瘤细胞直接问题、防钝化应激性和人体肿瘤细胞凋亡。 为来探寻丁酸成分和靶人类人类表观遗传网上信息信息,探讨技术人员从PubChem得到 丁酸和丁酸酯的二维和3d成分(图1A)。经由PharmMapper数剧库和Uniprot数剧库处置后共筛分出116个丁酸靶人类人类表观遗传供全面一个脚印探讨。将人类人类表观遗传文件列表导成STRING数剧库,参加PPI网上信息信息探讨。Cytoscape提出了编排的前20的联络线靶人类人类表观遗传的详细完整网上信息信息图,是指CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。此类联络线人类人类表观遗传与网上信息信息中的的人类人类表观遗传均突出表现出特定的关于的性,讲解此类人类人类表观遗传将展现着联动做用。GO和KEGG探讨阐明了丁酸联络线人类人类表观遗传的关于的方式和生物工程工程学用途(图1C)。联络线人类人类表观遗传大部分与类固醇性雄激素回应、空气氧化物应激不起效果发生反馈回应、催化生物工程氧癌细胞对类固醇性雄激素激起的发生反馈各类对含酸性药剂学物资的发生反馈关于。总而言之指出,此类联络线人类人类表观遗传大部分参加了空气氧化物应激不起效果发生反馈和对催化生物工程氧的生物工程工程发生反馈方式,是肾结石生成规则中至关更很重要的方式,这表达丁酸将在肾结石中展现更很重要做用。

图1| 丁酸的结构与靶人类基因网站阐述(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一个步骤探求丁酸对CaOx肾结石真实切靶人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传,科研重要性技术人数用GEO的sql数据文件对GSE73680中健康保健较与CaOx肾结石病号的人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传异同使用了科研。较组与CaOx结石病号的取得性异同展示人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传(DEGs)检查标准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传会出现取得变化规律,在这当中3379个(89.4%)人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传展示调整,404个(10.6%)人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传展示调整(图2A)。对DEGs使用聚类分析分享分享,热图提示了前10个被选中DEGs的二维分层现象聚类分析分享特征描述(图2B)。接着随后,科研重要性技术人数依据GeneCards的sql数据文件手动认定了370个有可能与CaOx肾结石重要性的人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传,排民前20位的估计人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传还有其重要性性評分如图是2C如下图所示。为了能让遇到丁酸治疗方法CaOx肾结石的要素靶点,科研重要性技术人数将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石重要性人类人类人类什么是人类人类人类人类基因遗传整理得到了一堆个Venn图。既定,CYP2C9被确实为丁酸导致CaOx肾结石的不确定靶点(图2D)。最后,科研重要性技术人数还使用了丁酸与CYP2C9的分子结构接管,CYP2C9的四个核苷酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸互相效果,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在再生利用手机网络药理学学分析CYP2C9是丁酸导致CaOx肾结石的靶DNA后,的研究人数还借助神经细胞核试验验证了CYP2C9可较低草酸诱导性的HK-2神经细胞核的ROS横向、慢性炎症神经损伤和凋亡。

图2| 许多据库携手具体分析预測CYP2C9是丁酸的功效于CaOx肾结石的靶基因遗传

探析报告单

本研发最先挖掘丁酸在身体之外和肚子里均能治理和改善CaOx肾结石型号的氧化反应物应激反应性和疾病问题,随后不久利用网咯药剂学学建立得出丁酸危害CaOx肾结石的暗藏靶点——CYP2C9,接下来利用細胞进行实验验证CYP2C9在草酸盐诱惑的HK-2細胞ROS标准、疾病问题和凋亡。这挖掘是因为丁酸有机会利用治理和改善CYP2C9来治理和改善CaOx肾结石的氧化反应物应激反应性,调低疾病问题。一种步骤中拜谱生态学体作为了网咯药剂学学新技术设备资讯保障,还有拜谱生态学体可从而提高成熟期全面的DNA组学、蛋清质组学、分泌组学等两组学软件及新技术设备资讯保障,迎接转达资讯! 参考资料文献资料:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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